Nella certosa di Capri si accede tramite un viale alla cui fine c'è l'ingresso con una torre fortificata. A fianco alla torre vi è il portico della Chiesa. La Certosa è strutturata in tre blocchi di edifici: uno estraneo alla vita del convento con la farmacia e la chiesa per le donne; uno per i frati conversi e per ospiti esterni con annessi i granai, le scuderie e i laboratori dove lavoravano i monaci; l'ultimo blocco per la vita di clausura con le celle intorno al Chiostro Grande e gli altri ambienti intorno al Chiostro Piccolo.

Il Chiostro Grande segue uno schema tardo rinascimentale con archi a tutto sesto su pilastri in pietra, mentre l'area al centro è organizzata secondo un disegno geometrico con spazi verdi. Il Chiostro Piccolo ha delicati archi a tutto sesto su colonne romane in marmo. Nei secoli la Certosa è stata più volte trasformata: saccheggiata dai pirati turchi nel Cinquecento, restaurata e ampliata nel Seicento, divenne poi caserma e prigione in età napoleonica. Nel Novecento ospitò eventi culturali, mostre futuriste e persino i soldati americani durante la guerra. Durante gli ultimi anni del secolo scorso ospitò le aule del liceo classico locale.
Oggi la visita permette di leggere questa stratificazione di storia: dalla “casa alta” destinata alla vita monastica e alla preghiera, fino alla “casa bassa” legata alle attività quotidiane come cucine, cantine e laboratori.

La Certosa attualmente è sede del Museo Archelogico di Capri, del Museo Diefenbach e durante l'estate è sede di concerti e manifestazioni.

Il Museo Archeologico di Capri, ospitato nella Certosa di San Giacomo, è un tesoro di reperti che narrano la storia antica dell'isola. Inaugurato nel luglio 2024, con la mostra "L'Isola dei Cesari. Capri da Augusto a Tiberio", il museo espone 120 reperti tra cui sculture in marmo, affreschi e vasellame, originariamente conservati al Museo Archeologico Nazionale di Napoli e oggi tornati sulla loro isola di origine. Questi artefatti illustrano il ricco patrimonio culturale e il ruolo di Capri durante l'epoca romana, offrendo ai visitatori un affascinante viaggio nel tempo.

Il museo è stato concepito come un dialogo continuo con il mare: ambienti immersivi, giochi di luce e audio di grande suggestione accompagnano reperti provenienti da Capri e dalla Campania.
Tra i pezzi più emozionanti, le sculture ritrovate nella Grotta Azzurra e preziosi argenti da tavola che testimoniano il lusso delle ville imperiali.

Il Museo Diefenbach, situato anch'esso nella Certosa di San Giacomo, è dedicato al pittore tedesco Karl Wilhelm Diefenbach, un simbolista vissuto a Capri nei primi anni del Novecento.

Diefenbach fu un personaggio fuori dal comune: riformista e pacifista, viveva secondo i principi della Lebensreform, indossando una lunga tunica bianca e predicando amore universale e ritorno alla natura. Nei suoi quadri Capri appare grandiosa e immobile, raffigurata da scorci iconici come Marina Piccola, l’Arco Naturale e Monte Solaro.

La collezione del museo include una vasta gamma di opere che riflettono la visione mistica e spirituale dell'artista, ispirate dalla bellezza naturale dell'isola. Le opere di Diefenbach, caratterizzate da un forte simbolismo, offrono un'opportunità unica per esplorare l'interazione tra arte e natura.